Najczęściej stosowanymi spektrometrami masowymi w chromatografii gazowej są układy wykorzystujące kwadrupolowe analizatory. W obszarze GC / MS znajdują się pułapki jonowe. Oba typy analizatorów wykorzystują tę samą zasadę. Cztery elektrody są podłączone do obwodu elektrycznego w celu generowania pól o częstotliwościach radiowych. Zmieniając to pole elektryczne w czasie, wykonywane jest tak zwane skanowanie. Fragmenty pochodzące ze źródła jonów za pomocą optyki jonowej wchodzą do analizatora. Separacja jonowa opiera się na zmianie częstotliwości RF i napięcia stałego po przekątnej, umożliwiając przejście tylko określonych fragmentów przez filtr kwadrupolowy.
Ryc. 1: Schemat kwadrupolowego analizatora
Analizator czasu lotu oddziela jony na innej zasadzie niż kwadrupol. TOF mierzą czas, w którym fragmenty będą latać od źródła jonów do detektora. Daje to widmo masowe.
Ryc. Rysunek 2: Schemat analizatora TOF
Akwizycja pomaga w zbieraniu pełnych widm masowych, podczas gdy fragmenty nie są tracone. W zasadzie zakres GC / MS-TOF m / z jest nieograniczony. Umożliwia to uzyskanie wysokiej rozdzielczości i czułości w tym samym czasie. GC / MS-TOF ma stałą odpowiedź jonów na całym piku chromatograficznym. W przypadku koeluzji związków przeprowadza się dekonwolucji, a tym samym identyfikacji i separacji. GC / MS-TOF oferuje czułość i wykrywanie śladowych stężeń analitów. Systemy GC / MS TOF idealnie nadają się do aplikacji Fast GC i GCxGC dzięki szybkiemu akwizycjowi, którego nie mogą osiągnąć kwadrupolowe analizatory.