Наиболее распространенными масс-спектрометрами в газовой хроматографии являются системы на основе квадрупольных анализаторов. Другими анализаторами, используемыми в ГХ/МС, являются ионные ловушки. Оба анализатора использовали один и тот же принцип. Четыре полюса соединены в электрическую цепь, генерирующую радиочастотное поле. Изменение этого электрического поля позволяет производить сканирование во времени. Фрагменты, поступающие от источника ионов, через ионную оптику попадают в анализатор. Разделение ионов осуществляется путем подачи переменного высокочастотного сигнала и напряжения постоянного тока на диагонально противоположные концы квадруполя, что, в свою очередь, позволяет фрагменту определенной массы проходить через квадрупольный фильтр.
Рисунок 1: Схема квадрупольного анализатора
Времяпролетный анализатор разделяет ионы по принципу, отличному от квадропольной системы. Приборы TOF используют время, затрачиваемое ионами на прохождение (пролет) вдоль вакуумированной трубки, как средство измерения значений m/z и, следовательно, для получения масс-спектра.
Рисунок 2: Схема TOF-анализатора
Сбор осуществляется с помощью непрерывных спектров, что обеспечивает повышенную селективность правильной массы и отсутствие потерь ионов в процессе разделения в полетной трубе. В принципе, диапазон m/z не ограничен. За одно сканирование можно проанализировать весь диапазон масс с невероятно высоким разрешением и чувствительностью. ГХ/МС-ВП обеспечивает постоянное соотношение содержания ионов на хроматографическом пике. В случае совместного элюирования соединений выявляют перекрывающиеся пики и выполняют деконволюцию. Обнаружение следового уровня достигается. Системы GC/MS TOF идеально подходят для приложений Fast GC и GCxGC благодаря высокой скорости сбора данных.