pH metre sa často používajú v aplikáciách, ktoré vyžadujú pravidelné čistenie elektródy. Tieto aplikácie zahŕňajú veľmi tvrdú vodu, znečistené vzorky, ako sú pôdne kaly, viskózne materiály alebo vzorky s vysokým obsahom oleja a bielkovín. Nasledovné postupy neodporúčame vykonávať osobám, ktoré nie sú oboznámené s bezpečnostnými zásadami pri práci s chemikáliami alebo s nimi nemôžu pracovať: detergenty, HCl (kyselina chlorovodíková) a NaOH (hydroxid sodný).
Elektródu namočte na 10 minút do 0,4 molárnej HCl (kyselina chlorovodíková), potom elektródu opláchnite deionizovanou alebo destilovanou vodou. Týmto by sa mal zo sklenenej elektródy a z povrchu referenčnej elektródy odstrániť všetok organický proteín.
Elektródu namočte do 3,8 alebo 4,0 molárneho roztoku KCl (chlorid draselný) zahriateho na 50 °C na 1 hodinu. Roztok KCl nechajte vychladnúť na teplotu miestnosti, potom elektródu opláchnite deionizovanou alebo destilovanou vodou. Tým sa otvorí a vyčistí referenčná elektróda od všetkých kontaminantov.
Elektródu namočte do tlmivého roztoku s pH 4,01 (EC-BU-4BT) a zahrievajte 1 hodinu na 50 °C. Pufor nechajte vychladnúť na izbovú teplotu, potom opláchnite elektródu deionizovanou alebo destilovanou vodou. Tým sa otvorí a vyčistí referenčná elektróda.
Na odstránenie bielkovín namočte pH elektródu cez noc do roztoku enzymatického čističa pre kontaktné šošovky. Enzýmy odstránia bielkoviny zo skla a plastov.