pH metry se většinou používají v aplikacích, kdy se vyžaduje pravidelné čištění elektrody. Mezi takové aplikace patří měření vod s vysokou tvrdostí, kalů, vizkozních materiálů nebo vzorků s vysokým obsahem oleje nebo proteinů. Při čištění elektrod dbejte bezpečnostních zásad, jelikož se pracuje s nebezpečnými chemikáliemi: detergenty, HCl (kyselina chlorovodíková) a NaOH (hydroxid sodný).
Ponořte elektrodu do 0.4 molární HCl (kyselina chlorovodíková) na dobu 10 minut. Potom opláchněte elektrodu deionizovanou nebo destilovanou vodou. Tímto postupem byste měli odstranit organické nečistoty (proteiny) z elektrody a povrchu referenční elektrody.
Ponořte elektrodu do 3.8 až 4.0 molárního roztoku KCl (chlorid sodný) vyhřívaného na teplotu 50°C po dobu 1 hodiny. Roztok KCl zchlaďte na laboratorní teplotu a opláchněte elektrodu deionizovanou nebo destilovanou vodou. Tímto postupem zbavíte referenční elektrodu kontaminantů.
Ponořte elektrodu do pufru pH=4.0 vyhřívaného na teplotu 50°C po dobu 1 hodiny. Roztok pufru zchlaďte na laboratorní teplotu a opláchněte elektrodu deionizovanou nebo destilovanou vodou. Tímto postupem vyčistíte referenční elektrodu.
Po každém použití opláchněte elektrodu 0.5 N nebo 1% roztokem HCl. Pokud se na elektrodě usadily olejové nebo proteinové nečistoty, opláchněte elektrodu teplým roztokem detergentu. Je-li znečištění veliké, ponechejte elektrodu v roztoku detergentu přes noc. Potom opláchněte elektrodu deionizovanou nebo destilovanou vodou a ponořte ji na 10 minut do 1% HCl. Opláchněte elektrodu deionizovanou nebo destilovanou vodou a otestujte ji pomocí pH pufrů. Pokud jste schopni elektrodu správně nakalibrovat, můžete jí dále používat. V opačném případě zopakujte čištění nebo vyměňte elektrodu.
Proteiny odstraňte z elektrody takto: ponořte elektrodu do enzymatického roztoku určeného k čištění kontaktních čoček a ponechejte v něm elektrodu přes noc. Enzym zbaví elektrodu proteinů.